La biodiversité peut être perçue de différentes manières. En outre, elle peut être qualifiée de « remarquable » lorsqu’il s’agit de milieux et d’espèces naturellement rares ou qui ont régressé, ou encore emblématiques d’un territoire donné. La biodiversité « ordinaire » ou « commune » concerne les milieux et des espèces encore bien répandus ou associés aux lieux de vie des hommes.De surcroit, la biodiversité fournit de nombreux biens et services indispensables (et gratuit…). De tout temps, les humains en ont tiré parti pour y puiser de nombreuses ressources. La biodiversité est source de bien-être (à caractère social) et de richesse économique.
Mais les bouleversements actuels, d’origine humaine, se font à un rythme qui menace la biodiversité. L’érosion de la biodiversité est un phénomène avéré au niveau mondial comme au niveau national. Récemment, la communauté scientifique a lancé un appel alarmant : les scientifiques parlent d’anéantissement biologique, et de 6ème extinction de masse d’espèces, de populations et d’habitats. On estime que le taux actuel de disparition d’espèce est 100 à 150 fois supérieur au rythme naturel. On distingue cinq principales pressions contribuant directement au déclin de la biodiversité :la dégradation et la destruction des milieux, la surexploitation des ressources naturelles, la généralisatin des pollutions, le changement climatique et les espèces exotiques envahissantes.
La Région Bourgogne-Franche-Comté est l’une des moins artificialisées de France métropolitaine et dispose d’un patrimoine naturel riche et varié, issu d’une mosaïque de milieux très diversifiée. Elle est néanmoins exposée à des pressions similaires à celles rencontrées au niveau national. Une centaine d’espèces vertébrées sont aujourd’hui menacées ainsi que 1 espèce végétale sur 10, compromettant l’équilibre des écosystèmes et pouvant entraîner à terme une perte de la biodiversité et une dégradation irrémédiable du patrimoine naturel.